Pada masa perang Pangeran Diponegoro kira-kira pada tahun 1825, ada rombongan prajurit Pangeran Diponegoro yang lari hijrah ke hutan-hutan wilayah daerah Jawa Tengah, prajurit tersebut bernama Kerti Suro dan Tumenggung Jaya Merta Sura atau yang biasa disebut Tumenggung Buntet, kemudian kedua prajurit tersebut hidup di hutan untuk berlindung dan terjadilah kehidupan bermasyarakat di hutan tersebut.

Tahun berganti tahun, hutan tersebut menjadi ramai lalu diberi nama Wonokerto, nama Wonokerto itu sendiri mengandung arti yaitu Wono artinya Hutan dan Kerto artinya Ramai, sehingga Wonokerto disebut juga dengan Hutan Ramai atau dalam Bahasa Jawa diartikan Alas Rame.

Sampai sekarang para pendiri Desa Wonokerto yang meninggal dimakamkan di Makam khusus atau chungkup punggawa kraton Ngayugyokarto Hadiningrat antara lain Kyai Kerti Suro, Kyai Sabuk Alu, Tumenggung Jaya Merta Sura atau Tumenggung Buntet dan Kyai Kerta Nepada.

Waktu itu belum merdeka jadi masih dalam Pemerintahan Belanda, karena sangat lama Belanda menjajah Indonesia, sekitar ± 350 tahun, sehingga Belanda hengkang dari Negara Indonesia karena kalah perang dengan Jepang, setelah itu Indonesia bisa merdeka pada tgl 17 Agustus 1945.

Selanjutnya pada masa itu Pemerintah Desa Wonokerto dipimpin oleh seorang Lurah/Kepala Desa yaitu:

Hingga saat ini pemerintah desa Wonokerto belum menemukan dokumen dan bukti sejarah yang menyebutkan tahun berdirinya desa Wonokerto. Sejarah desa Wonokerto hanya bisa ditulis dan diurutkan berdasarkan cerita lisan yang berkembang secara turun temurun di tengah masyarakat desa Wonokerto.